Прага образовалась в 1784 году в результате объединения самостоятельных городов, к тому времени фактически уже слившихся территориально. Это были Пражский Град (Prazsky Hrad), Градчаны (Hradcany), Малая Сторона (Mala Strana), Старый город (Stare Mesto), Новый Город (Nove Mesto), Вы-шеград (Vysehrad). История Праги до 1784 года - это история отдельных поселений, являющихся теперь ее кварталами.

Первое упоминание о Пражском Граде относится к концу 9 века, когда первый христианский князь Борживой из рода Пршемысловичей основал здесь княжеское городище, ставшее главным местом пребывания правителей этой династии. С 973 года в Пражском Граде разместилась резиденция епископа. В 11 веке при Бржетиславе I прежние глиняные валы, окружавшие город были заменены каменными укреплениями, а в 12 веке в результате общей перестройки Града Собеславом I возникли нынешние крепостные стены с башнями. Пражский Град превратился в центр Чешского государства, когда его правитель князь Владислав II унаследовал королевскую корону от императора Фридриха Барбароссы (1158 году).

Наивысший расцвет Пражского Града относится к 14 веку, когда во времена правления Карла IV город стал резиденцией императора Священной Римской империи. В соответствии с планами Карла превратить Прагу в крупный европейский центр здесь развернулись широкомасштабные строительные работы. Однако наследник короны сын Карла Вацлав IV в 1382 году перенес королевскую резиденцию в Старый Город. Двор вернулся в Пражский Град в 1484 году вместе с Владиславом Ягеллоном, который начал его перестройку в стиле поздней готики. В 1526 году на чешский трон вступили Габсбурги, "перелицевавшие" город в стиле ренессанс. В результате большого пожара в 1541 году на Граде появились свободные площади для новых застроек, которые особенно интенсивно велись в период правления Рудольфа II (1576-1611 годах) Когда в 1620 году антигабсбургское сословное восстание завершилось поражением, Чехия потеряла государственную независимость. Императорский двор Габсбургов переехал в Вену. Крупные строительные работы в Пражском Граде вновь проводились в период правления Марии-Терезии (1753-1775 годах)

Здания и дворцы приобрели черты рококо и неоклассицизма. На протяжении следующих полутора веков здесь находили приют отставные и престарелые самодержцы. В 1918 году Пражский Град стал местом пребывания главы нового государства - Чехословацкой Республики, а с 1 января 1993 года резиденцией президента Чешской Республики.

Прилегающие к Пражскому Граду Градчаны представляли собой ничем не защищенное поселение подданных Града приблизительно до 1320 года, когда они получили статус города и были обнесены крепостной стеной. В связи с увеличением площади поселений в 1460-1462 годах император Карл IV построил новый ряд оборонительных сооружений. В период реформаторских войн в начале 15 в. город сильно пострадал от сражений гуситов с королевским гарнизоном Пражского града. Восстановленные к концу века постройки в 1541 году уничтожил сильнейший пожар. Город был отстроен практически заново, его архитектуру определил господствовавший в ту эпоху стиль ренессанс. В 1598 году Градчаны были возведены в ранг королевского города. Перестройка зданий в стиле барокко, в котором они дошли до наших дней, относится уже ко времени, когда Градчаны стали одним из кварталов Праги.

На том же берегу Влтавы находится Малая Сторона. Торговое поселение возникло на этих землях в 9-10 веках. В 1257 году король Пршемысл Отакар II решил основать здесь город. Выбранная им территория была обнесена крепостной стеной и заселена колонистами. Карл IV в 1460-1462 годах одновременно со строительством оборонительных укреплений в Градчанах воздвиг новую крепостную стену и в Малой Стороне.

В период гуситского восстания в 1419 году основная часть готической застройки города была уничтожена. То, что успели восстановить, уничтожил пожар 1541 года. Новая Малая Сторона с большим количеством дворцов знати была отстроена в стиле ренессанс. Эпоха барокко в 17-18 веках внесла свою лепту. Почти все сохранившиеся доныне дворцы, монастыри, храмы имеют вид барочных строений.
На правом берегу Влтавы расположен Старый Город, выросший из мелких поселений, возникших в 10 веке на торговом пути из Пражского Града в Вышеград. Статус города он получил при короле Вацлаве I, который в 1232-1234 годах выстроил мощные крепостные стены. В 15 веке чешские короли перенесли сюда свою резиденцию. После 1893 года часть средневековых кварталов Старого города была снесена и территории застроены заново.

В середине 13 века в Старом Городе вырос Еврейский квартал. Евреи жили обособленно от христианского населения, не могли участвовать в политической жизни города и часто подвергались погромам. Только в 1848 году евреи получили на чешской земле гражданские и политические права, а в 1850 году Пражское гетто стало одним из кварталов Праги, названным Иозефов в честь австрийского императора Йозефа II. На переломе 19-20 веков ходе расчистки трущоб все стоявшие здесь старые постройки были снесены, а на их месте возникли жилые многоэтажные дома.

В 1348 году император Карл IV заложил по соседству со Старым Городом самую новую часть Праги - Новый Город. Кольцо укреплений охватило существование здесь древние поселения и новые постройки. Новый город стал первым в Европе городом, построенным по заранее разработанному плану. Здесь поселился рабочий и ремесленный люд. Вскоре он стал самым большим из пражских городов. В 1784 году Новый Город вошел в состав Праги.

В конце 19 века большинство жилых кварталов старой застройки было снесено, архитектурно-исторические памятники реставрированы или реконструированы. Возникшие оригинальные современные здания сохранили характер первоначальной планировки.

Вышеград начал строиться в первой половине 10 века на скалистом холме на правом берегу Влтавы. Во второй половине 10 века он некоторое время являлся резиденцией князя Болеслава II. В конце 11 века сюда из Пражского града был перенесен двор княжеской династии Пршемысловичей. По этому поводу в Вышеграде развернулось активное строительство каменных крепостных стен, дворцов и костелов. Значение города еще больше возросло в 1070 году в связи с основанием вышеградского капитула, который и после возвращения правителей в Пражский Град в 1140 году продолжал играть важную роль в жизни Вышеграда. Время правления Карла IV ознаменовалось новым расцветом Вышеграда и перестройкой в 1348-1350 годах крепостных стен и городских зданий в готическом стиле. Очередная перестройка в середине 17 веке придала городу барочный облик, в котором он и дошел до наших дней. Вышеград стал самостоятельным городом в 1476 году. До 1866 года Вышеград оставался крепостью, в 1883 г. стал одним из пражских кварталов.

После административного объединения пражских городов начался процесс организации общих транспортных коммуникаций, в первую очередь создания водного пути. В 19 веке на Влтаве были сооружены причалы, а в 1907 году начались работы по строительству шлюзов у острова Штванице. К 1920 г. Влтава превратилась полностью в судоходную реку. В нынешнем столетии на ней построена целая сеть плотин - Влтавский каскад, в 1897 году в городе был пущен первый трамвай.

В 1922 году в результате объединения 37 близлежащих населенных пунктов образовалась Большая Прага.

15 мая 1939 года Прага была оккупирована фашистской Германией и освобождена Пражским восстанием при поддержке Советской армии в мае 1945 г. К счастью, война не оставила в городе серьезных разрушений.

В 1993 году в результате разделения Чехословацкой Республики на Чехию и Словакию Прага стала столицей Чешской Республики.